中成药中有效成分的“质”与“量”是临床疗效的物质基础。因此凡能影响中成药中有效成分含量及其种类的因素，均会对中成药的疗效产生影响，临床应用是否合理更是直接影响疗效。
一、原药材质量
原药材质量的优劣直接决定中成药的内在品质，中药材的品种、产地、采收时间、炮制等因素均会影响中成药的质量和疗效，详见影响中药作用的因素。
二、生产过程
中成药的生产过程，包括前处理、提取、浓缩、干燥、制剂等工艺单元，每个单元均影响中成药的药效物质基础，进而影响疗效。
1.前处理 中药生产工艺过程的前处理包括对原药材的鉴定检验、粉碎等环节。由于中药材资源的日益匮乏导致中药材价格过快上涨，且早期上市中成药品种的药材来源相关研究薄弱，从而造成这类品种的药材来源较为混乱、基原不明确等现象，如使用或混入未经研究确认的“新”药材（新药材及药用部分、地方习用药材、药材替代品、药材混淆品），也会影响中成药的有效性与安全性。
2.剂型选择 中成药剂型不同，则其药动学特性不同，从而造成中成药临床疗效的差异。如藿香正气的水丸、蜜丸、水剂、软胶囊等来源于藿香正气散的不同剂型，其剂型不同必然有不同的药动学特征，而临床应用和疗效也存在差别。众所周知藿香正气水治疗外感风寒、内伤湿邪所致的恶寒、发热、头痛、胸膈满闷、腹痛呕吐、肠鸣泄泻等症疗效最优。
3.提取分离 在中成药的提取、分离、纯化过程中，水提醇沉、有机溶剂提取、超临界萃取、膜分离技术、大孔吸附树脂分离等现代工艺广泛应用，相对于传统工艺（水煎煮）来说，药效物质基础发生了较大变化，必然会引起中成药疗效的变化。
4.浓缩干燥 浓缩干燥是生产的关键工序，中药提取液经长时间高温处理，会造成药效成分的分解或氧化。减压浓缩、薄膜浓缩、离心薄膜浓缩、反渗透浓缩、喷雾干燥、流化床干燥、微波干燥、远红外干燥等新技术在生产中已普遍应用，但也各有优缺点，不同的处理方式药效成分的变化也不相同。如文献报道制备三*泻心汤干膏，若采用常压或减压浓缩，成品中番泻苷、小檗碱和*芩苷的含量明显降低；若采用逆渗透浓缩和喷雾干燥技术，则有效成分损失降低。
三、临床应用
中成药的应用越来越广泛，临床应用的是否合理直接决定其疗效。当前有一部分人对中成药存在认识误区，认为中成药能“有病治病，无病强身”，造成中成药滥用现象普遍，轻则造成医药资源的浪费，重则会对机体产生不同程度的不良反应，因此，临床合理应用中成药是非常必要的。
1.药证相符 辨证论治是治疗疾病的基本原则，也是中医学的精髓所在。每一种中成药处方固定、功能明确、主治病证确定，所以临床选择中成药必须对证，药证相符，才能有的放矢，效若桴鼓。一般而言，要根据患者的临床表现，从多种症状的综合分析中辨析疾病的证候属性，进而立法、选择用药，即谓“法随证立，方从法出”。如中医学认为感冒由于四时感邪不同，有外感风寒、外感风热及夹暑夹湿之分，因此要辨证选药：风寒感冒者，宜发汗解表，疏散风寒，选小青龙合剂、荆防败*散、川芎茶调散等辛温解表中成药；风热感冒者，宜疏散风热，清热解*，选银翘解*丸、桑菊感冒片、板蓝根颗粒等辛凉解表中成药；夹暑夹湿感冒，宜解表化湿祛暑，选用藿香正气软胶囊、暑湿感冒颗粒、保济丸等化湿祛暑解表中成药。又如朱砂安神丸清心除烦安神，适用于火扰心神之失眠；柏子养心丸补气养血安神，适用于心气虚寒之失眠。
2.药病相合 对中医临床上某些常见疾病，病因病机比较单一，证候属性区分度不强，可直接按照西医的病名、病理状态和理化检查结果来使用中成药。如高脂血症，中医无此病名，但可归属于“痰浊”“瘀血”的范畴，可选用血脂康胶囊、脂必妥胶囊、绞股蓝总苷胶囊等化痰、降浊、活血，这些中成药均具有调血脂的药理作用。再如糖尿病，按照中医的证候分型，绝大多数属气阴不足证，可选用消渴片、消渴平片、参芪降糖颗粒等治疗。
3.病证结合 中医临床在疾病诊断过程中常结合西医学辨病的方法，以此为基础的治疗经验方部分被开发成上市的中成药，在临床广泛应用。此类中成药在主治病证的西医病名基础上增加了中医的证候属性，因此对此类中成药可采用辨证和辨病相结合的方法，合理使用。如冠心病心绞痛是西医病名，中医辨证属胸痹范畴，主要病机是心脉痹阻，常属虚实夹杂，属实多为气滞、血瘀、寒凝，属虚多为气虚、血虚、阴虚、阳虚，故常分为气滞血瘀、瘀血阻络、寒凝心脉、心气不足、气阴两虚等证候类型，分别选用速效救心丸、复方丹参滴丸等治气滞血瘀证，选用地奥心血康、血塞通颗粒等治瘀血阻络证，选用冠心苏合滴丸、宽胸气雾剂等治寒凝心脉证，选用通心络胶囊、补心口服液等治心气不足证，选用*芪生脉饮、滋心阴口服液等治气阴两虚证，而这些被选用的中成药均具有扩张冠脉、改善心肌供血供氧、缓解心绞痛的药理作用。
4.联合用药 中成药在临床应用中，根据病情需要，也常采用联合用药。中成药之间的配伍应用历代医家早有实践，最早记载是明代，薛己用补中益气丸、六味地*丸合用治疗气阴不足之证；清代叶天士用大补阴丸、水陆二仙丹、牡蛎金樱膏配伍治疗阴虚火旺、淋浊、早泄之证；近代临床用朱砂安神丸、天王补心丹合用治疗心肾不交的失眠重症。这些自古以来的配伍合用均可达协同之效。中成药之间的配伍应用有的是为了适应复杂病情的需要，如肺病久咳，致脾失运化、脾肺两虚，采用二陈丸与参苓白术散合用，二陈丸燥湿化痰止咳治其标，参苓白术散补脾益肺治其本，脾胃健运后，既可化湿祛痰，又可生化有源，补益肺气，从而促进肺病的康复；有的是为了适应治法的特殊需要，如跌打损伤，可内服跌打丸、外敷七厘散，合奏活血伸筋、疗伤止痛之效；又如妇女宫冷不孕，内服艾附暖宫丸、外贴十香暖脐膏或妇女万应膏，共奏养血调经、暖宫散寒之效。