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基于网络药理学方法探讨丹参多酚酸治疗脑梗 [复制链接]

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白癜风专家郑华国 http://baidianfeng.39.net/a_zczz/140905/4465350.html

作者:马岱朝陈会生刘辉张楠楠徐宁

脑卒中是世界范围的公共卫生问题,据世界卫生组织报道,脑卒中位列全球死亡原因的第二位,占总死亡人数的11.9%。作为人口最多的国家,中国的形势更为严峻,脑卒中居人群死亡原因首位,占年总死亡人数的1/5(约万/年)。脑梗死占脑卒中发病人数的70%~80%。

丹参的水溶性提取物丹参多酚酸(salvianolicacids,SA)已被广泛应用于临床治疗脑梗死。有临床研究结果表明,SA具有改善脑梗死后神经功能缺损、提高脑灌注、改善认知功能的作用。动物实验研究表明SA可以干预多种靶点与通路治疗脑梗死,如通过PI3K/AKT信号通路发挥脑保护作用;SA中含量最多的成分丹酚酸B通过抑制TLR4/MyD88/TRAF6信号通路,抑制NF-κB的转录与IL-1β、IL-6、TNF-α的分泌发挥脑梗死后脑保护作用;SA能够通过Shh信号通路介导BDNF和NGF的产生;SA能够通过AMPK/Akt/PKC信号通路在缺血再灌注模型中发挥抗氧化应作用。

为探讨目前实验研究尚未涉及的SA干预脑梗死的潜在靶点及通路,本研究采用网络药理学方法对其进行分析。

实验方法

采用网络药理学中药物成分的靶点预测、疾病相关靶点的数据挖掘、通路与功能的富集、可视化网络构建、分子对接等方法,分析了丹参多酚酸治疗脑梗死的蛋白靶点、相关通路及生物过程、成分与靶点之间结合能力。

实验结果

1、经检索PunChem数据库,得到丹参多酚酸盐6种主要成分的2D化学结构。

2、SA相关靶点的预测:从wissTargetPrediction分析平台、DRAR-CPI服务器、SEA服务器中分别获取到SA的靶点蛋白42个、个及78个,将三者合并去重,得到个靶点蛋白。使用Metascape数据库分析不同预测靶点在服务器中的分布情况,结果见图2a及2b。

3、脑梗死的相关靶点:从DisGeNET数据库获取脑梗死相关靶点个,从CTD数据库中得到脑梗死相关靶点个,从GeneCards数据库中获取脑梗死相关靶点个,再将三个数据库中获取的靶点取共有靶点交集Venn图(图3),得到共有疾病相关靶点个。

4核心靶点蛋白互作网络构建及分析:经过对预测得到的SA作用的个靶点与个脑梗死相关靶点进行匹配,得到核心靶点38个。通过Cytoscape软件GeneMANIA插件对38核心靶点行蛋白互作网络构建,得到58个节点,个边的PPI网络(图4)。然后借助MCODE算法对核心靶点互作网络进行模块识别,进一步借助CluePedia功能对识别的模块进行分析,从互作网络中识别出3个功能模块。(图5)。模块1与细胞外基质的降解、基质金属蛋白酶活动、神经炎症反应有关。模块2与模块3参与细胞活动的氨基酸代谢

5、核心靶点的通路、功能富集分析:Metascape数据库(

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